La gouvernance du programme est divisée en 3 niveaux :
À l’échelle locale :
- les exécutifs de la commune et de l’intercommunalité (EPCI) : assurent le pilotage stratégique du projet
- le directeur de projet Action Cœur de Ville : assure le pilotage opérationnel du projet, il travaille conjointement avec le manager de centre-ville si celui-ci existe.
- le préfet de département : il signe la convention-cadre au nom de l’État, il s’appuie sur les différents services déconcentrés de l’Etat pour venir en aide aux collectivités lors de l’élaboration de la convention-cadre.
- le référent départemental de l’État : il est l’interlocuteur privilégié des collectivités
- le représentant de la direction régionale de Banque des Territoires
- le représentant local d’Action logement
- un représentant du Conseil départemental et du Conseil régional
À l’échelle régionale :
- le préfet de région : supervise et facilite la mobilisation et la mise en œuvre des financements dans la région. Il est assisté par un référent régional de l’État.
- les préfets de département : constatent l’avancement des démarches locales lors des comités de l’administration régionale de l’Etat.
- le Conseil régional : participe au comité de pilotage et soutient certaines actions
- les directions régionales de la Banque des Territoires
- les comités régionaux d’Action Logement
- les représentants de l’Anah et de l’ANRU, associations régionales HLM
À l’échelle nationale :
- un Comité de pilotage présidé par le ministre de la Cohésion des territoires et qui réunit différents acteurs pour définir les modalités de mise en œuvre et de suivi du programme et prend les orientations au plan national.
- une direction de programme assure la préparation et le suivi des décisions prises par le comité de pilotage ainsi que la coordination interministérielle.
- le Commissariat général à l’égalité des territoires (CGET) s’occupe de la mise en œuvre opérationnelle du programme et de son évaluation. Il s’occupe aussi de l’organisation des séminaires nationaux.
- un Comité technique national qui réunit le CGET, les partenaires financeurs, les ministères concernés, l’ANRU et l’Union sociale de l’habitat prépare et applique les décisions du Comité de pilotage, assure la coordination des partenaires au niveau national. Il est aussi l’instance collaborative des appels à projets et événements nationaux.
- le Conseil d’orientation présidé par le ministre de la Cohésion des territoires a un triple rôle : suivre la mise en œuvre du programme, échanger sur les mesures susceptibles de le consolider et de l’enrichir, réfléchir aux perspectives d’évolution.